Η Επικράτεια διαιρείται στις ακόλουθες Τελωνειακές Περιφέρειες:
α. Τελωνειακή Περιφέρεια Πειραιώς που έχει έδρα τον Πειραιά, στη Διεύθυνση Τελωνείων Αττικής και περιλαμβάνει την Περιφέρεια Αττικής, τις Περιφερειακές Ενότητες (Π.Ε.) Αργολίδας και Κορινθίας της Περιφέρειας Πελοποννήσου, τις Π.Ε....
Βοιωτίας, Ευβοίας και Φθιώτιδας της Περιφέρειας Κεντρικής Ελλάδος και τις Π.Ε. Άνδρου, Θήρας, Κέας - Κύθνου, Μήλου, Μυκόνου, Νάξου, Πάρου, Σύρου και Τήνου (τέως Νομό Κυκλάδων) της Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου.
β. Τελωνειακή Περιφέρεια Θεσσαλονίκης που έχει έδρα τη Θεσσαλονίκη, στη Διεύθυνση Τελωνείων Θεσσαλονίκης και περιλαμβάνει τη Μητροπολιτική Ενότητα Θεσσαλονίκης, τις Π.Ε. Ημαθίας, Κιλκίς, Πέλλας, Πιερίας, Σερρών και Χαλκιδικής της Περιφέρειας Κεντρικής Μακεδονίας και τις Π.Ε. Καστοριάς, Κοζάνης και Φλώρινας της Περιφέρειας Δυτικής Μακεδονίας. α. Τελωνειακή Περιφέρεια Πειραιώς που έχει έδρα τον Πειραιά, στη Διεύθυνση Τελωνείων Αττικής και περιλαμβάνει την Περιφέρεια Αττικής, τις Περιφερειακές Ενότητες (Π.Ε.) Αργολίδας και Κορινθίας της Περιφέρειας Πελοποννήσου, τις Π.Ε....
Βοιωτίας, Ευβοίας και Φθιώτιδας της Περιφέρειας Κεντρικής Ελλάδος και τις Π.Ε. Άνδρου, Θήρας, Κέας - Κύθνου, Μήλου, Μυκόνου, Νάξου, Πάρου, Σύρου και Τήνου (τέως Νομό Κυκλάδων) της Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου.
γ. Τελωνειακή Περιφέρεια Πατρών που έχει έδρα την Πάτρα, στη Διεύθυνση Τελωνείου Πατρών και περιλαμβάνει όλες τις Π.Ε. της Περιφέρειας Δυτικής Ελλάδος, τις Π.Ε. Φωκίδας και Ευρυτανίας, τις Π.Ε. Ζακύνθου, Ιθάκης, Κεφαλληνίας και Λευκάδας της Περιφέρειας Ιονίων Νήσων.
δ. Τελωνειακή Περιφέρεια Βόλου που έχει έδρα το Βόλο, στη Διεύθυνση Τελωνείου Βόλου και περιλαμβάνει όλες τις Π.Ε. της Περιφέρειας Θεσσαλίας.
ε. Τελωνειακή Περιφέρεια Καλαμάτας που έχει έδρα την Καλαμάτα, στη Διεύθυνση Τελωνείου Καλαμάτας και περιλαμβάνει τις Π.Ε. Αρκαδίας, Λακωνίας και Μεσσηνίας της Περιφέρειας Πελοποννήσου. στ. Τελωνειακή Περιφέρεια Καβάλας που έχει έδρα την Καβάλα, στη Διεύθυνση Τελωνείου Καβάλας και περιλαμβάνει τις Π.Ε. Δράμας Καβάλας και Ξάνθης της Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης.
ζ. Τελωνειακή Περιφέρεια Αλεξανδρούπολης που έχει έδρα την Αλεξανδρούπολη, στη Διεύθυνση Τελωνείου Αλεξανδρούπολης και περιλαμβάνει τις Π.Ε. Έβρου και Ροδόπης της Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας & Θράκης.
η. Τελωνειακή Περιφέρεια Ηρακλείου που έχει έδρα το Ηράκλειο Κρήτης, στη Διεύθυνση Τελωνείου Ηρακλείου και περιλαμβάνει όλες τις Π.Ε. της Περιφέρειας Κρήτης.
θ. Τελωνειακή Περιφέρεια Κέρκυρας που έχει έδρα την Πόλη της Κέρκυρας, στη Διεύθυνση Τελωνείου Κερκύρας και περιλαμβάνει την Π.Ε. Κέρκυρας της Περιφέρειας Ιονίων Νήσων και όλες τις Π.Ε. της Περιφέρειας Ηπείρου.